Он организовал первые государственные похороны в новой России. В последний раз главу государства хоронили в Москве в марте 1985 года, когда скончался председатель президиума Верховного Совета и генеральный секретарь ЦК КПСС Константин Устинович Черненко. По православному канону в последний раз отпевали почившего в бозе императора Александра III в 1894 году. И в послании Патриарха Московского и всея Руси Алексия II говорилось: «Впервые за сто с лишним лет мы прощаемся с главой Государства Российского в храме, прощаемся с молитвой».

Представитель Русской православной церкви — отец Михаил Дудко, секретарь отдела внешних церковных связей, — заявил:

— Период правления Ельцина совпал с открытием новых перспектив для церкви. Ей передавались отобранные ранее храмы, монастыри, появились возможности для проповеди в средствах массовой информации, на телевидении умножились религиозные сюжеты. И уже за одно это, за возможность проповедовать об истине христианства перед светским миром нельзя не быть благодарным. Он не был религиозным человеком в том полном смысле, который церковные люди вкладывают в это понятие. Но он никогда не объявлял себя противником церкви.

Ельцин каждый год поздравлял патриарха с днем рождения, приезжал к нему в резиденцию в Чистом переулке, как всегда, с пирогом от Наины Иосифовны. Патриарх говорил, что ему нравятся ее пироги.

Гроб с телом Ельцина доставили в храм Христа Спасителя. Всю ночь семинаристы Сретенской и Николо-Перервенской семинарий читали над ним Псалтырь. Утром викарий патриарха архиепископ Истринский Арсений отслужил заупокойную литургию.

Церемония прощания с Ельциным в храме Христа Спасителя началась во вторник, в половине пятого вечера. Гроб стоял в центре зала, почетный караул нес президентский полк. На двух скамейках сидела семья — на первой Наина Иосифовна с дочками и зятьями, на второй внуки.

Выстроилась большая очередь — от набережной. К середине ночи желающих попрощаться было больше всего. К утру поток спал. Цветы раскупали с невероятной скоростью. Попрощаться с Ельциным, по данным милиции, успели двадцать пять тысяч человек. Люди проходили мимо гроба, накрытого российским флагом, кланялись и оставляли цветы. Многие, кто побывал в храме Христа Спасителя, отмечали, сколько в этом нескончаемом потоке было хороших, открытых молодых лиц.